Учился на актера в Ярославском театральном училище. Работал актером в Брянском театре юного зрителя. В 1986 году окончил режиссерский факультет театрального училища имени Б.В. Щукина. С 1991 года – главный режиссер театра города Советска. Сезон 1998 – 1999 годов работал главным режиссером в драмтеатре Калининграда, после чего опять вернулся в Советск. С 2003 по 2008 год – главный режиссёр Омского академического театра драмы, затем до 2010 года – главный режиссер Калининградского драматического театра.

Поставил около 60-ти спектаклей.

Е. Марчелли — неоднократный номинант Национальной театральной премии «Золотая Маска»: Лучший спектакль драмы малой формы и Лучшая работа режиссера в драме в 2005 году со спектаклем «Три сестры» А.П. Чехова, «Тильзит-театр», г. Советск; Лучший спектакль драмы большой формы и Лучшая работа режиссера в драме в 2004 году со спектаклем «Дачники» А.Пешкова, Омский академический театр драмы. В 2006 году на фестивале «Золотая маска» были показаны его спектакли «Вишневый сад» и «Фрекен Жюли». По итогам фестиваля «Золотая Маска» Специальная Премия Жюри драматического театра и театра кукол была присуждена Омскому академическому театру драмы (главный режиссер – Евгений Марчелли) – «за разнообразие творческих поисков в сезоне 2004-2005 гг.» Работы Е. Марчелли – всегда события на многих престижных российских и зарубежных фестивалях.

В 2010 году приглашен в Российский академический театр драмы имени Волкова. Первая работа в театре в качестве приглашенного постановщика («Екатерина Ивановна» Л. Андреева) номинирована на Национальную театральную премию «Золотая Маска»-2011 и стала лауреатом: исполнительница роли Екатерины Ивановны Анастасия Светлова получила специальный приз Жюри Фестиваля «Золотая Маска». В настоящее время является художественным руководителем театра. В ноябре 2012 года спектакль «Без названия» номинирован на три премии «Золотая Маска» (в номинациях «Лучший спектакль большой формы в драме», «Лучший режиссер», «Лучшая мужская роль»).